阿尔金山自然保护区地处东昆仑中段北坡大型凹陷盆地中，东邻我国海拔最高的内陆盆地--柴达木盆地，南倚昆仑山与藏北高原相接，其北部受干旱贫瘠的阿尔金山屏蔽。深居内陆的具体位置，周缘地域严酷的自然条件和高山深壑阻隔使这里人迹罕至，成为地球上少有的空白区之一，中外学术皆的瞩目的土地。
    青藏高原的北缘骨架---莽莽昆仑逶迤于保护区南缘众峰簇拥，冰盔雪衫，犹如豪放不獗的银龙驰骋于高原之上，气势宏伟。他那无与伦比的雄姿自古以来为世人仰慕。作为中国古代西域的象征一直为人们所注目，他意境深远而又成为中国古代神话起源地之一，这里被描绘成人们难以接近的世上乐园。有关昆仑的神话广为流传至今,是一处笼罩着神秘色彩而引人遐想的地域。 
    近世纪以来，一些探险考察的外国人历经千险涉足部分地域，从不同角度描述了这里的自然条件和部分资源，并以游记形式过分渲染了这里的荒凉恐怖，称这里是“亚洲干旱中心”，“不毛之地”和“死亡的土地“等。
    正由于上述原因，人们对探索这块土地的兴趣反而越来越浓。
    1982年夏，中国科学院动物研究所，中国科学院新疆分院生物土壤沙漠研究所和新疆维吾尔环境保护局组成联和考察队进入这一地区进行了考察，证实这一高原生态系统完整。新疆维吾尔自治区环境保护局随即提出建立以保护高原自然综合体和自然资源总体为对象的保护规划。保护区建立后，又相继组织了几次考察，进一步证实建立的阿尔金山自然保护区具有极高的科学价值。1985年3 月，国务院批阿尔金山自然保护区为国家级自然保护区。
    保护区极少受人为活动的干扰，接近原始状态的高原生态系统为开展生态学研究提供了理想场所。这里动物资源丰富，表现为种群数量大，密度高，其中以高原有蹄类为甚。与周缘地域相比，这里植物并不贫乏，在发掘植物新能源上具有很大的潜力。这里动物，植物从其种类及分布上充分显示着由中亚荒漠区向青藏高原区过度带的特征。说明了保护区在地理区划中具有重要的地位。
    大面积高山草原和高山草甸的发现为气象学提供了新的佐证。保护区四周群峰相簇的冰山雪峰，区域内近万平方公里与现代气候极不相似的古岩溶，碧波荡漾的高山湖泊。大面积的高山和多种冰缘地貌，3000多平方公里海拔在3900---5000米的沙漠，沙湖相间，沙湖共存等现象。不仅为多学科研究提供了条件，也构成了保护区内的奇特景观。这里还散布着先民们留下的石刻和时代不同的哈萨克坟遗迹，给高原盆地更增添了神秘色彩。