吉林鸭绿江上游国家级自然保护区位于吉林省东南部中朝边界鸭绿江水系上游，地处长白朝鲜族自治县中部、长白山南麓，地理位置为东经127°52′30″至128°02′51″、北纬41°24′45″至41°38′55″。东西宽9.6公里，南北长32.9公里，总面积20306公顷。北与长白山自然保护区接壤，南至中朝界河鸭绿江右岸，东与十六道沟河东的马鹿沟镇、金华乡相接，西邻十五道沟河西的十四道沟镇。

　　保护区包括鸭绿江上游一级支流十五道沟河、十六道沟河全部流域，其中有马鹿沟镇、十四道沟镇、金华乡的部分土地和村屯，两个县办电厂。根据长白县人民政府的决定，保护区内土地权属保护区所有。

　　结合保护区内的生态环境和冷水性鱼类及其栖息条件，按功能要求将保护区划分为3个核心区、1个缓冲区和1个实验区。核心区面积为8800公顷，占保护区总面积的43%；缓冲区面积为6806公顷，占保护区总面积的34%；实验区面积为4700公顷，占保护区总面积的23%。

　　吉林鸭绿江上游国家级自然保护区属于典型的东北山地森林—河流生态系统，水生生态系统多样性丰富。

　　吉林鸭绿江上游国家级自然保护区在我国水平地带被区划为中温带针阔叶混交林，植物区系以长白山植物区系为主。据初步调查，仅高等植物就有73科，208属，305种。由各类植物组成不同的植被类型，其地带性植被是红松为主的针阔混交林，各植被类型随着山地海拔高度的变化和气候带的影响，呈明显的垂直分带现象。

　　吉林鸭绿江上游国家级自然保护区是以冷水性鱼类为保护对象的自然保护区。本保护区是我国主要冷水性鱼类的天然物种种质资源库，是我国目前唯一的冷水性鱼类保护区，在生物多样性方面具有很高的保护价值。保护区森林茂盛，山泉溪流较多，冷水性鱼类物种丰富，在我国冷水性鱼类特别是鲑形目鱼类中占有重要地位。保护区内共有鱼类14种，隶属于4目6科，其中主要冷水性鱼类有5种，即细鳞鱼、石川氏哲罗鱼、花羔红点鲑、鸭绿江茴鱼和东北七鳃鳗。这5种鱼类中，有国家Ⅱ级保护野生动物1种，即细鳞鱼；被列入《中国东北地区珍稀濒危动物志》的有4种，即石川氏哲罗鱼、花羔红点鲑、鸭绿江茴鱼和东北七鳃鳗。其中石川氏哲罗鱼、鸭绿江茴鱼是鸭绿江上游支流的特有鱼种。细鳞鱼、石川氏哲罗鱼、花羔红点鲑、鸭绿江茴鱼则同时栖息于十五道沟河和十六道沟河中，在生物地理学和生物系统学上具有全国性代表意义。保护区内冷水性鱼类的种群结构合理，在生态、遗传、资源利用等方面具有极高的研究价值和重大意义。在生物多样性方面具有很高的保护价值。自然保护区内同时栖息着大量国家保护的水生、陆生野生动物。区内有两栖类动物5种，隶属于2目4科，其中有2种被《中国濒危动物红皮书—两栖类和爬行类》收录，即东北小鲵、中国林蛙。鸟类有37科、96种，占长白山鸟类种数的35.8%，其中有国家级保护鸟类16种，如黑鹳、中华秋沙鸭、黑琴鸡和长尾林鸮等。哺乳类有6目14科27种，占长白山哺乳类动物种数的41.8%。其中国家Ⅰ、Ⅱ级保护野生动物有紫貂、东北棕熊、东北黑熊、水獭、原麝等。保护区内共有高等动物147种，其中国家保护的有25种，占总数的17%。