云南金平分水岭自然保护区为中山峡谷山地，哀牢山脉自北而南，至此成为东北面的红河与西南面的藤条江两水系的自然分水岭，境内多深切峡谷，相对高差达米。气候年均温17.7℃。年降水量达毫米，为滇南的多雨区。区内河流有骂腊河、白河、金平河等。

　　分水岭自然保护区有高等植物科多种。有不少第三纪植物的残遗种和特有种存在，如原始莲座蕨、树蕨、马尾树等。植被类型主要为季风常绿阔叶林、山地常绿阔叶林和山顶矮林，组成树种为壳斗科、木兰科、樟科、山茶科、槭科、冬青科、杜英科、安息香科、金缕梅科、五加科、桦木科的属种。季风常绿阔叶林带分布于海拔1000～1700米之间，下缘与破坏的热带次生林相接，上缘与山地常绿阔叶林带相嵌交错，主要组成树种为壳斗科、山茶科、樟科等的石栎属、青冈属、木荷属、樟属、润楠属、木莲属的常绿种类，还有少量的落叶树种如水青冈、马尾树等，林下灌木发达，草本种类不多。

　　国家保护植物，一级有桫椤；二级有福建柏、长蕊木兰、马尾树、鹅掌楸、木瓜红、原始莲座蕨；三级有鸡毛松、大果木莲、红花木莲、大叶木莲、千果榄仁等。