中华白海豚是国家一级保护的水生野生动物，也是频危野生动植物种国际贸易的物种，80年代前，在厦门海域随处可见中华白海豚，常可目睹海豚跃出海面欢腾嬉戏的壮观。80年代后，由于海岸工程建设和水产养殖过度开发及水质恶化，电炸鱼非法作业等原因，使白海豚失去了良好的栖息环境，如今在厦门也成了极为珍贵、难得一睹的物种。1997年8月25日经福建省人民政府批准建立厦门中华白海豚省级自然保护区（非封闭式）。2000年4月4日，经国务院批准组建厦门珍稀海洋物种国家级自然保护区。该保护区以中华白海豚、文昌鱼、白鹭三个自然保护区保护物种为核心，兼顾多种珍稀海洋物种。