林权证只能在初始登记机关注销。新版林权证只能由国家林业局或县级人民政府颁发。

使用国务院确定的国家所有的重点林区是指东北、内蒙国有林区的国家重点森工企业的施业区的森林、林木和林地的单位，向国务院林业主管部门提出登记申请，并由该部门代理国务院直接核发证书。

使用国家所有的跨行政区域的森林、林木和林地的单位和个人，向共同的上一级人民政府林业主管部门提出登记申请，由该级人民政府发证。

其它都由当地县级人民政府发证。