我国的桉树病害至今已发现有33种，其中叶部病害20种，枝干病害4种，根部病害5种，苗期病害4种，在这些病害中，猝倒病、白绢病、褐斑病、紫斑病、溃疡病等是广东、广西及海南等省(区)桉树的常见病害。近年尾叶桉、柳桉、巨桉……等青枯病较为普遍，有些地区十分严重，造成大量植株死亡。
桉树苗期病害4种中茎腐病、白绢病等，我国南方均可发生，发病率5%～20%，可导致苗木死亡。在地势低洼积水，苗木过密，条件阴湿或使用尚未腐熟的肥料等苗床上，容易发生灰霉病，发病率10%～15%，严重可达30%，症状为苗木嫩叶、嫩茎腐烂，甚至全株死亡。防治方法：用5%甲基托布津毒土或50%甲基托布津800～1 000倍溶液以及用5‰的高锰酸钾溶液进行交替喷雾使用、有明显的防治效果。
桉树叶部病害种类较多，有的地方也十分严重，常见有叶斑病、紫斑病、叶枯病、炭疽病。褐斑病是一种发生较为普遍的叶部病害，发病率达30%～40%，严重时达90%，造成叶片坏死，大量落叶，危害多种桉树。桉树叶部病害在我国较少进行防治。在苗圃或发生十分严重的幼林，可考虑清除病叶并集中销毁后，喷以1∶100的波尔多液进行防治。
桉树枝干病害中最为严重的是溃疡病，也导致流胶病的发生，受害树种有窿缘桉、柠檬桉、赤桉、蓝桉、大叶桉等，虽不会引起植株死亡，但影响林木生长，降低木材质量，防治方法：尽可能减少树木的机械、生理损伤。注意放牧，免使牲口破坏树木等。
桉树根部病害主要有青枯病和根腐病，近年尾叶桉、柳桉、巨桉、巨尾桉均有发生、尾叶桉、柳桉发病较为普遍，有的地区十分严重，发病率2%～10%，有的地区达30%～40%，桉树青枯病一般在4～11月发生，高温多雨的6～8月为发病高峰期，遭台风袭击后的林木，由于根部受伤，病原菌极易侵入，导致感染发病。
症状：叶片急剧失水萎蔫，不脱落而悬挂在树枝上，木质部变黑褐色，根、茎横切不久切面即有白色至淡黄褐色细菌液成环状溢出。这类病害从发病到整株枯死约需1～3周。青枯病目前尚无有效的防治措施，唯一的防治途径是选育抗病品种。
