采用生物监测方法可以直接表示出生态系统已经发生的变化，这些变化即使还没有显示出不良的效应也可以作为进一步研究的引发信号。反之，如果在受到影响的区域内没有发现生物标志物、有机体或其社会结构方面的变化，便不具备进一步研究的条件。化学残留物的数据很难达到这一目的，因为现在全世界都分布有许多长效的污染物。

 

缺点是较难量化，有时得到的是间接结果，结果需要更加细致的分析。